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底栖藻的颜色鲜艳美丽，有绿色、褐色和红色。科学家们根据它们的颜色，把海藻分为三大类：绿藻类、褐藻类和红藻类。
绿藻的藻体呈草绿色。绿藻约有6000种，其中90%产于淡水，只有10%生活在潮间带或潮下带的岩石上。绿藻有单细胞的，有群体的；有丝状的，还有片状的。最常见的海洋单细胞绿藻是扁藻，它含有丰富的蛋白质，是海洋中小型动物的良好饵料。最常见的多细胞绿藻有石莼、礁膜（我国沿海渔民称之为海菠菜或海白菜），它们是人们喜爱的海洋经济蔬菜；还有浒苔，它可用来制作浒苔糕，味道十分鲜美。此外，还有羽藻、蕨菜、刺海松、伞藻等。
褐藻的藻体呈褐色，多细胞，有丝状、片状或叶状，还有的呈囊状、管状、圆柱状或树枝状，一般都有圆盘状或分枝状的固着器或假根。假根上面有柄部及叶部，通称为假茎和假叶。褐藻中的大型种类，如海带可长到7米～8米长；巨藻可长到300米长，素有“海底森林”之称。它们多数生长于低潮带或低潮线下的岩石上。
红藻的藻体呈紫色或紫红色，大多数为多细胞，有丝状、片状和分枝状。形态多姿，有圆形、椭圆形、带形。红藻多数喜居深海，生长在低潮线附近和低潮线下30米～60米处，少数种类可在200米的海底生长。红藻类约有2500多种，其中最为常见的种类有紫菜、石花菜、红毛藻、海索面、鸡毛藻、粘管藻、海萝、蜈蚣藻、海头红、多管藻、鹧鸪菜等。紫菜呈紫红色，片状，鲜食或制成干品，干紫菜是市场上畅销的高级副食品。
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