在80年代以前，小水电站及配套电网主要是以国家投资、群众投工投劳方式建设的，在生产成本中财务费用占的比例相当小，加上小水电运行费用低，因此，小水电的总成本很低，而当时市场经济在中国还没有形成和发育，因而电价的高低在当时没有被人们所重视，也没有把这个问题提到议事日程。而且过去小水电站一般为国家和集体所有，经济效益的高低对于小水电来说并不是最重要的。
80年代以后，随着社会主义市场经济的确立和不断发展，小水电站的建设发生了一系列的变化：
因此，电价问题在近几年来成为小水电站建设和运行中的突出问题，受到各级政府和企业的重视。
小水电电价分为两种：一种是直接上国家大网的电价，一种是小水电上地方电网的电价。前一种电站的上网电价，是由各省人民政府确定的。后一种电价定价机制比较复杂：有一部分电站是与地方电力销售公司统一核算，组成单一的法人公司，这样的电站上网电价表现为公司内部的核算电价，仅仅作为内部核算用；另一种是小水电上地方电网电价， 这部分电站与地方电网各为独立法人，这部分电站的上网电价由电网所在地方政府核定。据统计，1994年，实行前一种电价的小水电站上网电量为206亿kw·h，平均上网电价为133元／（ MW·h），生产、销售为一体的地方电力公司的销售电价为212元／（MW·h），上地方电网独立 核算的电站的上网电价为13O元／（MW·h）左右。
近几年国家先后出台了一系列关于小水电电价的政策，重要的有：a．小水电电量作为计划外电量参与市场调节。b．新建小水电实行新电新价，定价原则按成本+税金+适当利润确定，同时执行还本付息电价，还 贷期一般按8～10年考虑。另外，随着对环境保护的呼声越来越高，与火电同质同价的要求也越来越强烈，而且由于电力供求矛盾比较大，许 多省对小水电的上网电价也作了大幅度的调整。如浙江省，1994年对小水电上网电价进行了调整，调整后平均上网电价达290元／（MW·h）。广东省也出台了小水电上网电价的有关政策，根据调整后的政策，上网电价达350元／（MW·h）。总的来看，随着人们对小水电作为国家能源的 有益补充和优势的认识不断加深，小水电的电价水平会进一步提高，并逐步与市场经济接轨，从而引导资金向小水电站开发流动。但是小水电电价机制也存在一些不如人意的地方。主要表现在以下几个方面：
目前，小水电上网电价的总水平还不高，上国家电网的电价为135元 ／（MW·h）。据估计，如果按成本 + 税金 + 适当利润的原则计算的话，平均上网电价应在20O元／（MW· h）以上。
小水电上网不同价。这反映在两个方面：一是水、火电电价不一样， 同样的电量，火电的上网电价要比水电高2倍左右；另一方面，是新旧电站电价不一样，现在新建的电站由于普遍实行新电新价，一站一个价， 这部分电站的上网电价达250元／（MW·h），比旧电站上网电价也要高2倍左右。
以小水电供电为主的地区，销售电价偏低。这些地区一般经济不太发达，物价总水平不高，用户对电价的承受能力有限。但是由于小水电建设的物资、设备等价格与全国水平差不多，因此这些地区的水电建设对于吸引外来资金存在比较大的障碍。值得高兴的是，中国的物价主管部门正在制定全国电价管理法，将对小水电站上网电价有明确的原则规定。该办法的出台将促使中国小水电定价机制面向市场，良性发展。同时对小水电分丰枯、峰谷电价，并执行两部制电价，丰枯、峰谷电价将相差3倍左右，有利于资金投向调节性很好的小水电站，有利于改善电网中的丰枯、峰谷矛盾。