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什么是水稻基因组框架图? 什么是完成图?
基因组"工作框架图(working draft)"这一概念是在1997
年由"国际人类基因组协作组"提出来的,其标准有三点:
① 测序工作量达 4.2 X,即所有测定序列的高质量部分 (>Q20)累计长度相当于这一基因组大小的五倍。水稻基因组估计大小为
430 Mb,要测定累计长度达2150 Mb 的高质量序列;
② 覆盖率达 90 % 以上,即经初步组装的"一致性"序列 (得到的序列相互重叠部分只计一次)占整个基因组的
90% 以上, 水稻基因组 "工作框架图"要有387 Mb (430 Mb X 90% )
以上的"一致性"序列;
③ 经初步组装的"一致性"序列中每一碱基的准确率达 99% 以上,即每一碱基出错的可能性 (误差率)应低于
1% 。
"工作框架图"是相对于"完成图 (finishing) "或"终图"而言的。"完成图"的标准为:
① 覆盖率达 100%,只能接受经国际协作组认可确实无法补上的"洞"(technologically
unfilled gaps);
② 碱基的准确率为 99.99%,为达这一标准一般需要 10 X的测序量。
据其高通量测序和信息处理技术平台的优势,华大采用的是全基因组"鸟枪法"测序的策略。
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